Outre les querelles avec les chanoines de Saint-Ursanne pour des questions de gros sous, la communauté de Glovelier a maille à partir avec l'abbaye de Bellelay dont les terres jouxtent les siennes au sud. Fondé en 1136, le couvent des Prémontrés a fait l'acquisition à Glovelier de propriétés si importantes qu'elles ont fini par donner lieu, au début du XVe siècle, à un procès à propos des limites de leur territoire respectif. L'évêque de Bâle dut intervenir lui-même, en nommant des arbitres qui placèrent les bornes.